たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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mtDNA D-loop

#170
遺伝学実習が終了。あとはレポートだけ。いや、それがきついんだが。

一番の目玉であった mtDNA D-loop の塩基配列の決定。
15 人分のデータがわかってしまうという今回の実習。
とりあえずこれ↓で分析。

MEGA - Molecular Evolutionary Genetics Analysis

これを作った一人が、今回の実習担当の研究室の先生とはびっくりだね。Delphi あたりで作ってるみたいだが…。
それはともかく、配列データはここから。

Entrez Nucleotides database

で、15人に縄文人、アイヌ人、琉球人?を加えてみたのがこれ↓。

途中の小さな矢印は、一応そこをノードのルートにしてみたということ。

水色のマークの意味は、…
mtDNA D-loop 上流域で CCCCCTCCCCC の配列が変異して、CCCCCCCCCCCC のように C が連続している人たち。自分も含めて。
こうなると、なんだか知らんが、PCR をするときに、"スリップ" してその後の PCR 反応がうまくいかなくなる、らしい。
ということで、そういう人は主鎖と副鎖の逆配列をつなぎ合わせなければいけない。
これで、例えば他の人の DNA 溶液が混ざってるなどで、失敗してると、もうダメ。そうなると、他の人のデータで穴埋めしなければならない。

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