たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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MyBioCSharp #1

#365
BioJava とかここらへんを参考に、C# で書き下してみる実験。

まずは DNA 配列を格納するクラスから。
せっかく C# 2.0 でやるので、List<char> でいってみよう。

ファイル形式はとりあえず Fasta ね。
TextReader クラスのデコレーターを作ってと。

で、最初の機能として完全一致比較でいこう。
対角線上を調べていくパターンで。

最小検出長は 15 ぐらいでいいだろう。
で、試しにやってみると…
A3Sampleopw2.Seq 631bp
A7Sampleopb.Seq 608bp
22ms

20...57 / 19...56 : 38bp
58...86 / 58...86 : 29bp
608...622 / 140...154 : 15bp
59ms

一つ目の配列は本当は 628bp なんだが。リーダーが空白を排除できてないな。
とりあえず動いたようだが、後で直さないと。
あとオーダーも調べてみよう。

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