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MyBioCSharp #1 |
#365 |
- 2006/05/31 (水) 20:56:43 |
- プログラミング |
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BioJava とかここらへんを参考に、C# で書き下してみる実験。
まずは DNA 配列を格納するクラスから。
せっかく C# 2.0 でやるので、List<char> でいってみよう。
ファイル形式はとりあえず Fasta ね。
TextReader クラスのデコレーターを作ってと。
で、最初の機能として完全一致比較でいこう。
対角線上を調べていくパターンで。
最小検出長は 15 ぐらいでいいだろう。
で、試しにやってみると…
一つ目の配列は本当は 628bp なんだが。リーダーが空白を排除できてないな。
とりあえず動いたようだが、後で直さないと。
あとオーダーも調べてみよう。
まずは DNA 配列を格納するクラスから。
せっかく C# 2.0 でやるので、List<char> でいってみよう。
ファイル形式はとりあえず Fasta ね。
TextReader クラスのデコレーターを作ってと。
で、最初の機能として完全一致比較でいこう。
対角線上を調べていくパターンで。
最小検出長は 15 ぐらいでいいだろう。
で、試しにやってみると…
A3Sampleopw2.Seq 631bp
A7Sampleopb.Seq 608bp
22ms
20...57 / 19...56 : 38bp
58...86 / 58...86 : 29bp
608...622 / 140...154 : 15bp
59ms
一つ目の配列は本当は 628bp なんだが。リーダーが空白を排除できてないな。
とりあえず動いたようだが、後で直さないと。
あとオーダーも調べてみよう。
