たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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検量線

#367
久しぶりに R の備忘録。
今回は検量線に関係して線形回帰。

[Fitting Linear Models]
lm(formula, data, subset, weights, na.action,
method = "qr", model = TRUE, x = FALSE, y = FALSE, qr = TRUE,
singular.ok = TRUE, contrasts = NULL, offset, ...)

例えば、
> x <- c(0, 4, 8, 12, 16)
> y <- c(0, .216, .429, .600, .794)
> summary(lm(y ~ 0 + x))

Call:
lm(formula = y ~ 0 + x)

Residuals:
       1       2        3         4        5
-2.474e-16 1.433e-02 2.567e-02 -5.000e-03 -1.267e-02

Coefficients:
  Estimate  Std. Error  t value  Pr(>|t|)
g 0.0504167 0.0007394  68.19 2.77e-07 ***
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

Residual standard error: 0.0162 on 4 degrees of freedom
Multiple R-Squared: 0.9991, Adjusted R-squared: 0.9989
F-statistic: 4649 on 1 and 4 DF, p-value: 2.772e-07

となる。Excel でいうところの、切片を 0 にする操作が 0 + x の部分。
これ参照)によれば、「学生実習でも相関係数の 2 乗が 0.98 以上あることが望ましい」とある。

で、プロットしようと考えると、
> plot(x, y, main = "Y= 0.05042 X")
> abline(lm(y ~ 0 + x), col = "blue")

こんな感じ。

[関連記事]
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自己相関係数
母比率の信頼区間

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