たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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卒業研究 #6

#417
using System.Collections.Generic;
using System.Collections.ObjectModel;

前回 :

ファイルからバイト列を読み込み、そのラッパークラス (FastaDocument) を用意。 FastaDocument クラスは KeyedCollection<string, ISequence> を継承。配列名をキーとする。あとはインデックス操作で動的にプロパティ値を取得。


今回 :

CDS から 9,850 遺伝子のアラインメント (224MB) に変えて実行。ファイル名が遺伝子 ID 、各配列 (1 ファイルに 12 個) の名前が種名となっている。

結果 :

4.71 sec, 241.24 MB

とりあえず Dictionary<string, FastaDocument> に叩き込んでおく。

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