たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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卒業研究 #10

#423
さて、次は系統樹作成と。
まずは近隣結合法 neighbor-joining method (Saitou and Nei 1987) だな。

だがいきなり無根系統樹でつまづく。
根をどうすれば…。
というか親と子の関係をどうすれば…。
後のことを考えると、枝同士の向き? を絶対的に決めてしまうのはおいしくない。
まぁ、最初の interior branch を参照始めとして、1 つの枝に 4 つ全部の枝への相互参照をもたせるか。

ともかく OTU を n 個に対して、exterior branch を n 個つくってスタート。

SBL (sum of branch lengths) が最小となるように最初の近隣を作成。

あと繰り返し。
いくつか記述ミスはあったが訂正し、論文中のアルゴリズムを何とか C# で実装。
比べた数は少ないが、MEGA とも一致する、気がする。
少なくとも SBL は合ってるはず。

ここからさらに最小進化法 minimum-evolution method (Rzhetsky and Nei 1993) で枝の長さを再計算。

ついでだから、MEGA で系統樹を描画する用に、Newick format で出力できるようにしておく。

ここまででテストコード含め 3000 行ぐらい。一応順調。
つーか 8 月終わりじゃん orz

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