たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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卒業研究 #11

#430
デバッグ中とかにコドンがバイト列だと激しく見づらいので、ちゃんとラッパークラスを作ったら一貫性も向上したり。
IComparer とか IEqualityComparer とかを別に用意せずに済むあたりが。

系統樹のほうはどうやらうまく動いているようなので (NJ とか ME とか) 、コドン使用頻度のほうを詳細にみていく方向へ。

いろいろあるようなんですがね。

・Relative Synonymous Codon Usage
・Scaled Chi-Square
・Corrected Chi-Square
・Codon Adaptation Index
・P2 Index
・GC-content
・Base Composition skew

まずは RSCU と GC 含量が基本どころだろうか。
GC 含量のほうはせっかくだから、塩基位置まで指定できるようにしてみたり。

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