たこぜりー研究室

大腸菌DNAは4.64Mbp。酵母は13Mbpで、ヒトは3Gbp

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卒業研究 #14

#455
結局、大学院に進学して卒研続行。

よかったのはパソコンが新しくなったこと。
Core2 Duo E6850 @ 3.00GHz に 2GB RAM というマシンに XP SP2 を載せてるもんだから快適。
おかげでプログラムを動かしててファンがうるさくなることが無くなった。
加えて有線レーザーマウスでマウスパッドとおさらば。
あと、ディスプレイも SXGA になってこれまた快適。

しかし 6698 遺伝子の系統樹作成にまだ 8 分もかかっておる。

ということでプログラムを見直すと、どうも距離行列をつくるときが劣悪らしい。
なにせ距離行列のサブデータ検索がペアワイズのリニアサーチ。よって、O(N^2) 。

で、もうメモリを犠牲にして速度をとることを決意。
すると使用メモリ 20MB 増だが、2 倍速の 4 分になって、今までの時間浪費に涙。

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